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色素作為物質顏色的化學物質，天然色素和人工色素盡管都是為了改善或改變物品的外觀，但它們的性質和應用都大不相同。那么，它們有如下區別：
天然色素是從天然植物、動物或礦物中提取的。這些色素主要存在于植物的果實、花朵、根莖、葉片等部位。平常見的梔子果中的梔子黃色素，這是天然來源的色素。天然色素的一個顯著特點是，它們在自然界中早已存在，通過傳統的提取技術可以獲取。
與天然色素不同，人工色素是通過化學合成方法在實驗室或工業生產中制造出來的。人工色素往往是由一些化學原料通過反應、加工得到的。常見的合成色素如紅色的胭脂紅等，均為人工合成的產物。它們的化學結構通常比天然色素復雜，且往往不是自然界中原本存在的成分。
天然色素的化學結構通常較為簡單，且在自然界中存在的種類相對有限。胡蘿卜素是常見的天然色素，通常由簡單的有機分子組成。這些色素分子往往與植物的其他生物分子有較好的親和性，能夠在提取過程中比較容易地被分離和純化。
人工色素的化學結構相對復雜，且具有多樣性。通過化學合成，人工色素可以設計出各種不同的分子結構，這使得它們在色彩選擇上具有更大的靈活性。人工色素的分子往往含有某些人工合成的基團，這些基團賦予它們不同于天然色素的化學性質。
